En ciertas circunstancias, no se puede ver completamente la UEC y, en consecuencia, la evaluación de la zona de transformación (ZT) puede ser incompleta. Esta es una limitación inherente a la IVAA, por lo que se pueden pasar desapercibidas pequeñas lesiones dentro del endocérvix, especialmente en mujeres postmenopáusicas. Sin embargo, deben hacerse esfuerzos para visualizar la UEC tanto como sea posible. La ZT puede no verse correctamente en las siguientes circunstancias.

La UEC se encuentra parcial o totalmente dentro del conducto endocervical: Una UEC que está muy adentro del conducto endocervical no puede visualizase durante el examen IVAA. A veces, la UEC puede estar parcialmente dentro del conducto endocervical y se puede visualizar tras efectuar suaves manipulaciones. La parte de la UEC que todavía no se ve, puede apreciarse abriendo más las hojas del espéculo, teniendo cuidado de no causar molestias a la mujer. Si la UEC no es completamente visible, aplicar una suave presión en la cara externa del exocérvix o en los fondos de saco vaginales con hisopos de algodón humedecidos con ácido acético al 5%, puede evertir los labios cervicales y hacer visible la UEC.

Presencia de moco, flujo o sangre: Un moco cervical espeso durante la fase lútea del ciclo menstrual puede dificultar la visibilidad de la UEC. El moco es consistente y difícil de eliminar. En tales situaciones, la visualización de la UEC puede hacerse empujando el moco hacia un lado o empujándolo suavemente dentro del conducto endocervical con la ayuda de un pequeño hisopo de algodón humedecido con ácido acético al 5%. Se debe tener cuidado de no provocar sangrado del epitelio columnar.
El flujo excesivo o la sangre (por ejemplo, en la menstruación o en la cervicitis) que obstruyen la visibilidad del cuello uterino debe eliminarse suavemente con la ayuda de hisopos de algodón humedecidos con ácido acético al 5%.

Se desaconseja el uso de un hisopo de algodón seco en cualquier momento durante el procedimiento de IVAA, ya que puede lesionar el frágil epitelio columnar e inducir sangrado.

Presencia de pólipos o quistes de Naboth cerca de la UEC: Los pólipos que se encuentran cerca de la UEC pueden interferir con la visibilidad completa de la ZT. Los pólipos mucosos suelen ser móviles y pueden manipularse con ayuda de hisopos de algodón húmedos para ver el cuello uterino.

Los quistes de Naboth de gran tamaño ubicados cerca de la UEC pueden obstruir la visión completa de 360° de la UEC. A menudo, es posible observar la UEC por el uso de un hisopo de algodón húmedo, con el que se ejerce una suave presión sobre los labios cervicales en la cara externa del exocérvix, en la misma dirección que la ubicación de los quistes de Naboth.

La presencia de pólipos grandes (pediculados o sésiles) o de quistes de Naboth puede dificultar la visibilidad de la UEC y ésta puede no ser visible incluso después de la manipulación.

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