Влагалищная среда кислая из-за преобладающего присутствия бактерий Lactobacillus. Воздействие вывернутого цилиндрического эпителия на кислую среду влагалища приводит к разрушению клеток, которые в конечном итоге замещаются новообразованным (незрелым) плоским эпителием с периферии. Этот процесс физиологического замещения цилиндрического эпителия незрелым плоским эпителием известен как плоскоклеточная метаплазия. Метаплазия начинается от дистального края эктропиона, то есть от ЗС, расположенной на периферии эктропиона, и продвигается по направлению к наружному зеву. Новообразованный незрелый метапластический плоский эпителий постепенно замещает цилиндрический эпителий и формирует новую ЗС, которая располагается ближе к наружному зеву. ЗС, которая первоначально находилась на дистальном крае эктропиона и откуда начиналась метаплазия, известна как исходная ЗС. Вновь сформированная ЗС, расположенная ближе к наружному зеву, известна как новая ЗС. Исходная ЗС в конечном итоге становится плоскоклеточным соединением (соединение между исходным плоским эпителием и новым плоским эпителием) и перестает различаться после прогрессирования метапластического процесса. Следовательно, новая ЗС просто становится ЗС, и является ей далее.

Во время процесса плоской метаплазии незрелый метапластический плоский эпителий может закупорить некоторые просветы крипт цилиндрического эпителия. Это приводит к улавливанию слизи, секретируемой цилиндрическими клетками, с образованием ретенционных кист, известных как наботовы кисты. Некоторые просветы крипт могут оставаться незакрытыми метапластическим эпителием. Эти просветы в криптах остаются открытыми и видимыми, а некоторые из них продолжают секретировать слизь. Наботовы кисты и открытые просветы крипт — это особенности метапластического эпителия, которые могут быть видны при осмотре шейки матки.

В следующем разделе обсуждается, как физиологические изменения приводят к развитию очень важного ориентира на шейке матки: зоны трансформации.