Вагінальне середовище кисле через домінантну присутність бактерій Lactobacillus. Потрапляння вивернутого циліндричного епітелію в кисле середовище піхви призводить до руйнування клітин, які в кінцевому підсумку заміщаються новоутвореним (незрілим) плоским епітелієм з периферії. Цей процес фізіологічної заміни циліндричного епітелію незрілим плоским епітелієм відомий як плоскоклітинна метаплазія.
Метаплазія починається від дистальної межі ектропіону, тобто від плоскоциліндричного стику, розташованого на периферії ектропіону, і прогресує до зовнішнього вічка. Новоутворений незрілий метапластичний плоский епітелій поступово замінює циліндричний епітелій і утворює новий плоскоциліндричний стик, який лежить ближче до зовнішнього вічка.
Плоскоциліндричний стик, який спочатку був на дистальній межі ектропіону і звідки почалася метаплазія, відомий як початковий плоскоциліндричний стик. Новоутворений плоскоциліндричний стик, який розташований ближче до зовнішнього вічка, відомий як новий плоскоциліндричний стик. Початковий плоскоциліндричний стик в кінцевому підсумку стає плоско-плоским епітелієм (з'єднанням між вихідним плоским епітелієм і новим плоским епітелієм) і більше не розрізняється після прогресування метапластичного процесу. Отже, новий плоскоциліндричний стик відомий просто як плоскоциліндричний стик. Відтепер новий плоскоциліндричний стик завжди називатиметься плоскоциліндричний стик.

Під час процесу плоскої метаплазії незрілий метапластичний плоский епітелій може закупорювати деякі отвори крипт циліндричного епітелію. Це призводить до закупорки слизу, що виділяється циліндричними клітинами, з утворенням ретенційних кіст, відомих як наботові кісти. Деякі отвори крипт можуть залишатися непокритими метапластичним епітелієм. Ці вічка крирт залишаються відкритими і видимими, а деякі крипти продовжують виділяти муцин. Наботові кісти та відкриті отвори крипт є ознаками метапластичного епітелію, які можуть бути помітні під час огляду шийки матки.

У наступному розділі обговорюється, як фізіологічні зміни призводять до розвитку дуже важливого орієнтира на шийці матки: зона трансформації.